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发菌以“井”字形堆叠，高约1m，底部用石块或废木垫空，要求堆内温度控制在20兀以上、28兀以下，晴天中午气温高时应撑膜通风降温。每周将段木上下、内外翻动1次，促进发菌均匀。约经30d，接种穴和树皮下长满菌丝，发菌结束。埋土养菌及子实体发生选排水良好、有水源或树荫下作菌床，畦床宽1.2m，深20cm。将段木横向排放在菌床内，段木间距5cm，以无杂质的细壤土填没段木间隙，而后上面覆2cm的土层。搭荫棚离菌床高60cm，棚上盖稀草帘，外覆薄膜，防止直射光和大雨冲刷。这段时间，减少水分供给，养菌约30d。当段木两端断面上具有黄白色菌丝即进入子实体发生阶段，增加空间的湿度，晴天喷水1~2次，保持土壤湿润。7月初子实体陆续发生。第2年5~7月盛产，第3年仍有子实体产生。
河南驻马店市近几年研究段木熟料栽培灵芝，其产品质量可靠，效益较好。2009年至2010年度，有部分芝农，因前期发菌、芝棒下地等技术环节管理不到位及春季天气温度低等方面的原因，芝棒污染严重，造成了资源浪费及经济损失，个别地方因此产生菌种质量纠纷，影响着灵芝产业的发展。对此，笔者对我市灵芝主产区的芝棒污染原因进行了专门的调查研究，并提出了相应的措施。污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。
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灭菌彻底灭菌仓内叠放料袋时要堆叠合理，纵向每4排料袋约宽60cm作为一行，行与行之间要留有空隙，以使蒸汽均匀循环。用旺火烧到罩膜鼓起时，排出冷空气，当罩膜内温度达到100P时，连续保持24~30h，才可以停火降温;注意加温过程中要适时加水，保持水在规定的水位范围内，加水过程中要保证罩膜内温度不下降。灭菌时，防止灭菌罩膜漏气，要注意蒸汽炉的蒸汽发生量与灭菌物数量相匹配，灭菌袋数增加，应相应延长灭菌时间。接种时防止料温太高料温太高，超过38t，易烧死菌种，好是在灭菌后的料袋还有余温（32~35t）时接种。提供适宜的培菌环境在培养室或塑料薄膜大棚内暗光培养，好保持七分阴三分阳，以利菌丝生长。鼠害。发菌阶段，要定期检查、翻堆、通风，严防料温上升到32t以上而出现“烧菌”现象；发菌期间培养室（棚）内温度低于20t,可用火加温，每天中午通风1~2h。菌丝爬满木段后，再在弱光环境中培养20d以上，促使菌丝老化，培菌时间需2~3个
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